Jan Dantyszek urodził się 1 listopada 1485 roku w Gdańsku jako najstarszy syn Jana von Höfena, piwowara, kupca i handlarza zbożem. Od miejsca swego urodzenia podpisywał się jako Dantiscus. O jego dzieciństwie i wczesnej młodości nie wiemy zbyt wiele. Początkowo uczył się w Chełmnie i Grudziądzu, a następnie rozpoczął studia uniwersyteckie w Gryfii. Tutaj zetknął się z humanistą Pawłem z Krosna, którego później nazwie swoim mistrzem. W 1500 roku rozpoczął studia w Akademii Krakowskiej, ukończył je, uzyskując bakalaureat, w 1503 roku. Rok później Dantyszek rozpoczął karierę dyplomatyczną. Wiele podróżował. Odwiedził Ziemię Świętą, Austrię, Niemcy, Włochy, Hiszpanię, Anglię i Belgię.
Przyjaźnił się z najwybitniejszymi osobistościami epoki, m.in. Maksymilianem I, Karolem V, Franciszkiem I, Erazmem z Rotterdamu, Marcinem Lutrem, Filipem Melanchtonem, Ferdynandem Cortezem, Baltazarem Castiglione.
Nie stronił od uroków życia: lubił biesiady, trunki i kobiety. Trwale, choć nie związkami małżeńskimi, związał się z Hiszpanką, Izabelą del Gada, z którą miał dwoje dzieci (syna i córkę Juanitę).
W latach 1524-1532 był stałym przedstawicielem Polski w Hiszpanii. Dzięki jego działalności dyplomatycznej zawarto ponad dwadzieścia traktatów międzynarodowych i umocniono pozycję Polski w ówczesnej Europie. To on układał plany małżeńskie króla Zygmunta Starego i Zygmunta Augusta. "Dantyszek wypracował model nowożytnej dyplomacji, który był następnie przejęty i rozwijany" (Zbigniew Nowak).
Cesarz Maksymilian nadał mu szlachectwo, tytuł doktora obojga praw i wieniec laurowy (najwyższe ówczesne wyróżnienie poetyckie, porównywalne z dzisiejszą literacką Nagrodą Nobla). Cesarz Karol V obdarował go natomiast szlachectwem hiszpańskim.
Karierę dyplomatyczną zakończył w 1532 roku. Wrócił do kraju, przyjął święcenia kapłańskie, w 1533 roku uzyskał godność biskupa chełmińskiego, a cztery lata później - biskupa warmińskiego. Jako kanonik podlegał mu Mikołaj Kopernik, którego Dantyszek bardzo wysoko cenił. Stworzył dla niego odpowiednie warunki do pracy naukowej. Dantyszek znał wybitnych humanistów polskich - Andrzeja Krzyckiego i Jana z Wiślicy. Należał do grona najwcześniejszych polskich miłośników Erazma z Rotterdamu. Zmarł 27 października 1548 roku w Lidzbarku Warmińskim.
Mimo licznych obowiązków nigdy nie zaniedbał twórczości literackiej, która obejmowała utwory poetyckie (łącznie około 8500 wersów), a także bogatą epiostolografię (korespondencję). Tworzył epigramaty, epicedia, elegie, epitalamia, itineraria, hymny i satyry.
Jako poeta zadebiutował Dantyszek tomikiem łacińskich wierszy elegijnych już w 1510 roku. W jego twórczości dominowały początkowo utwory okolicznościowe i parenetyczne, zabarwione dydaktyzmem i moralizatorstwem. W 1535 roku ukazała się znacząca elegia Jonasz prorok, która - jak chcą dzisiejsi badacze - dała początek piśmiennictwu antyreformacyjnemu, będąc sygnałem stopniowego odchodzenia poety od postawy tolerancji ku ortodoksji katolickiej.
W elegii Do Grynei ukazywał Dantyszek siebie jako wędrowca, którego styl życia nie sprzyja stałej miłości i trwałym związkom. W jego twórczości znajdujemy sporo liryki osobistej - taki jest Żywot Jana Dantyszka oraz dwa nagrobki samemu sobie. Widoczna jest również troska o dobro Rzeczypospolitej - poeta zabrał głos w sprawach konfliktu z Zakonem Krzyżackim, przedstawił apoteozę Polski Jagiellonów oraz króla Zygmunta I Starego. Te łacińskie utwory spełniały również ważną rolę propagandową, wprowadzały bowiem Polskę na szerszą arenę europejską.
Ostatnim jego dziełem była wydana w 1548 roku Księga hymnów, medytacje na temat głównych problemów doktryny chrześcijańskiej - jak uważa Piotr Urbański - zbiór poetyckich medytacji ujętych w fingowane ramy hymnów. To, zdaniem badacza, początek recepcji duchowości Ignacego Loyoli i pierwszy polski refleks jego Ćwiczeń duchowych na długo przed sprowadzeniem jezuitów do Polski przez kardynała Stanisława Hozjusza (w 1564 roku).
Dantyszek pomagał również w wydaniu parafraz psalmów latyniście, grecyście i hebraiście Janowi van Campen (Campensis). Poprzedził je wierszem pochwalnym i zaprosił Campensisa do Krakowa na wykłady z zakresu hebraistyki. W Krakowie też Campensis wydał drukiem gramatykę hebrajską i edycję Psałterza. Z edycji tej korzystał najprawdopodobniej Jan Kochanowski, pracując nad swoim Psałterzem Dawidowym.