Zbigniew Morsztyn pochodził z rodu poetów. Jego krewnymi byli m. in.: Hieronim Morsztyn, Jan Andrzej Morsztyn, Stanisław Morsztyn oraz Wacław Potocki (mąż stryjecznej siostry). Urodził się prawdopodobnie ok. roku 1627 w średniozamożnej rodzinie ariańskiej, osiadłej na Podgórzu. Był synem Jerzego Morsztyna i Katarzyny Stano. Po śmierci matki, od 1647 r. jego macochą była Anna z Kępińskich.
Lata młodości Zbigniewa Morsztyna nie są bliżej znane. Nie wiadomo, czy poprzestał na wykształceniu odebranym na Podgórzu, nie odnaleziono bowiem śladów studiów zagranicznych przyszłego poety. Przypuszcza się, że przed rokiem 1648 Morsztyn związał się z litewskim dworem Radziwiłłów birżańskich. Zyskał zaufanie Janusza i Bogusława Radziwiłłów. U boku księcia Bogusława walczył w bitwie pod Beresteczkiem w czerwcu 1651 roku. Trzy miesiące później znalazł się w Kijowie zajętym przez wojska litewskie pod dowództwem hetmana Janusza Radziwiłła. W służbie u księcia Janusza pozostawał do końca roku 1652.
W roku 1653 uczestniczył w wyprawie żwanieckiej walcząc w szeregach Bogusława Radziwiłła. Wtedy powstały prawdopodobnie pierwsze wiersze poety: Do IMci Pana Huryna.. oraz Lament Hospodarowej IMci Wołoskiej. Na początku 1654 r. Zbigniew Morsztyn wypoczywał w Dojlidach, majątku dzierżawionym od Radziwiłłów przez jego kuzyna - Samuela Mierzeńskiego. W sierpniu tegoż roku znalazł się na Litwie w szeregach pancernej chorągwi Janusza Radziwiłła, dowodzonej przez brata Samuela, Aleksandra Mierzeńskiego. Uczestniczył w bitwie pod Szepielowcami, w czasie której chorągiew została rozbita. Poeta ocalał, ale porażkę przeżył bardzo ciężko - poległo wielu jego bliskich towarzyszy broni. Ich pamięć uczcił w serii wierszowanych nagrobków.
Sylwetka Morsztyna na tle wydarzeń roku 1655 nie rysuje się jasno. W momencie, w którym Janusz Radziwiłł poddał Wielkie Księstwo Litewskie władzy Karola Gustawa, poeta był prawdopodobnie w rodzinnych stronach. W październiku 1655 r. w Kazimierzu pod Krakowem podpisał w imieniu rodziny akt poddańczy wobec Karola Gustawa, a w grudniu przystąpił do antyszwedzkiego powstania. Walczył do 20 czerwca 1656 r., kiedy w starciu pod Tyńcem dostał się do szwedzkiej niewoli. Prawdopodobnie więziony był w okupowanym Krakowie do sierpnia 1657 roku. Poetyckim świadectwem tego wydarzenia jest wiersz O koniu wziętym ze mną w potrzebie ze Szwedami pod Krakowem die 20 Junii, anno 1656.
W 1657 r. na mocy przywileju królewskiego Zbigniew otrzymał po Aleksandrze Morsztynie urząd bachmistrza wielickiego. 28 listopada tego roku król Jan Kazimierz obdarzył go miecznikostwem mozyrskim. Dzięki pomocy Mierzeńskich i Jana Andrzeja Zbigniew Morsztyn nawiązał współpracę z Bogusławem Radziwiłłem. Książę powierzył mu funkcję agenta dyplomatycznego. W 1659 r. poeta ożenił się z Zofią Czaplicówną z Wołynia, z którą od 1660 r. zamieszkał we folwarku Kuriany na Podlasiu, otrzymanym w zarząd od księcia Bogusława.
Zmiana otoczenia była konieczna ze względu na trudne położenie Braci Polskich - wielu ze znajomych poety, by pozostać we własnych majątkach, zmieniło wyznanie. Morsztyn nie wyrzekł się wiary ojców, a poetyckim dokumentem jego ówczesnych jego przeżyć stała się słynna Pieśń w ucisku. Na Podlasiu przebywał do połowy roku 1662, skąd udał się wraz z rodziną do Prus Książęcych. W 1663 r. podpisał umowy dzierżawne na dwa majątki - Rudówkę i Małe Jagodne w Prusach Książęcych. Dzierżawy te stały się ośrodkiem życia religijnego i towarzysko-kulturalnego Braci Polskich, a Morsztyn duchowym opiekunem arian osiadłych w księstwie pruskim. Dbał o sprawy zboru, często wyjeżdżał na ziemie Rzeczpospolitej, na tereny Wielkiego Księstwa Litewskiego i do Wilna, dużo też pisał.
W latach siedemdziesiątych powstały m. in. takie utwory, jak Sławna wiktoryja nad Turkami [...] pod Chocimiem otrzymaną w dzień świętego Marcina 1673, Duma o wzięciu szturmem Pawołoczy... (1675), Kolęda napisana w Królewcu d 2 stycznia 1674. Wtedy także Morsztyn zaczął pracować nad swymi najbardziej znanymi zbiorami wierszy: Muza domowa (powst. 1676-1684) oraz Emblemata (powst. ok. 1675-1680).
W sierpniu 1677 roku poeta ciężko zachorował, a stan jego zdrowia dopiero pod koniec roku polepszył się nieco. Do pełni sił już nie wrócił, ale mimo to nadal pozostawał w służbie dworskiej, interesował się też sprawami arian. W październiku 1678 roku uczestniczył w obradach synodu Braci Polskich w Rudówce oraz synodu antytrynitarskim w październiku 1684 r. Zmarł 13 grudnia 1689 r. w Królewcu.